1626年，西班牙占据北台湾后，曾有西班牙人到竹堑传教。当地大规模的开发，是从1661年郑成功入台另部属屯垦算起，主要屯田蓬山、后龙地区，势力广及竹堑。隶属天兴县，并置通事管理竹堑番社。
1683年清政府时期，竹堑改属诸罗县。1691年王世杰获准带领亲族180余人以暗仔街为中心垦植竹堑，广兴水利开发良田。而粤籍徐立鹏于1725年带领族人进入新竹、竹北、香山、新丰等地垦殖，形成客家移民聚落。雍正元年(1723年)，淡水厅治设于竹堑，成为清朝时期北台湾的一个重镇。1826年，竹堑进士郑用锡等人奏请兴建竹堑城获准，于1827年兴工，筑造砖石造城墙与四座城楼。清光绪元年（1875年），淡水厅废除，竹堑城改称新竹并设县治。
甲午战争后，新竹成为抵抗日本殖民者侵入北台湾的重要据点。将新竹划归台北县，并置新竹支厅管理。1920年9月合新竹、桃园支厅为新竹州，州治设于新竹郡(1930年新竹市自新竹郡分出，州治改新竹市)。1941年合并香山庄全部及旧港、六家庄的一部分，扩大行政区域，下设廿五个区会协助推行市政。
1945年台湾光复，十月二十五日台湾行政长官公署接受日本人台湾总督的投降，十一月五日公布各州接管委员会。新竹州接管委员即于八日由主任委员率领来竹，九日开始接收原新竹州的机构。同月十七日接收新竹市役所，遂成立新竹市政府，隶属于接管委员会，十一月三十日将原日据时期所设二十五区改为九区，同时接收原各郡役所。翌年一月接管委员会结束，成立新竹县政府，暂借原新竹州厅办公。新竹县政府于二月二十八日迁往桃园，新竹市亦因全省行政区域调整，正式设为省辖市，成立新竹市政府，下设东、西、南、北、竹东、宝山、香山等七个区公所，并迁入原州厅办公室，全省设五大县、三小县、九省辖市计十七县市。
1950年四月二十二日，台湾省政府公布本省地方自治实施纲要，十月二十五日调整全省行政区域，改设二十一县市，新竹地方乃将原省辖新竹市并原新竹县辖关西、新埔两镇、湖口、红毛、竹北、横山、芎林、北埔、峨眉等七乡及尖石、五峰两山地乡等成立为新竹县。县治设于新竹市，并将原新竹县分设桃园、苗栗两县县治分设桃园、苗栗两镇。
1951年十二月一日，将原东、西、南、北等四区合并成立县辖市，新竹市公所在地置于中正路原东区区公所，四十四年夏迁入林森路原县立中学办公。1982年六月准予自1982年七月一日起将原属新竹县的香山乡并入县辖新竹市改制升格为省辖市，省辖市新竹市政府于1982年七月一日正式成立。1990年十一月一日新竹市下设东、北、香山等三个区公所，正式分区治事。
铁路 纵贯线铁路贯穿新竹市，境内设有新竹及香山两站，其中新竹站各级列车多有停靠，班次密集。
公路 台湾西部各大城市皆有台汽客运开往新竹市。新竹客运为境内主要大众运输工具，可分为通往市区各地的市公车系统及往竹东、竹北、关西、龙潭、中坜、杨梅等邻近市镇的客运系统，前者总站位于民族路上的SOGO百货旁，后者总站设在火车站右侧。
