巴林系蒙古语译“要塞”，“哨所”、“军寨”之意。
汉代为匈奴左地，唐代隶属松漠都督府。契丹建立政权后，选定当时"负山背海，天险足以为固"的现林东镇南郊建都，称上京临潢府，从公元918年到1125年辽亡的200多年历史上，这里是辽代政治、经济、文化、交通中心。金灭辽后，先为临潢总管府，后并入北京路。元代先属应昌路，后归全宁路，隶属于中书省，是特薛禅后裔鲁王世袭领地。明初属全宁卫，后为兀良哈境，属朵颜卫。明代嘉靖年间元太祖十八世孙苏巴海始创巴林部。后金天聪八年（1634年）分封诸之蕃牧地时定旗地域为巴林左翼旗、巴林右翼二旗。清顺治五年（1648年）设治所，定名为巴林左翼旗。
民国时期，属热河特别行政区，1924年建林东设治局，1932年建林东县，辖巴林左右二旗农区。1933年本旗沦陷，建伪巴林左翼旗公署。1945年8月，本旗解放。1948年6月建立人民政权——林东行政委员会，同巴林左旗政府并存，实行蒙汉分治。1947年，蒙汉政权合并，建巴林左翼旗人民政府。新中国建立后更名为巴林左旗，此名沿用至今。
集锡国道、集通铁路以及纵横交错的旗乡级公路四通八达，林东镇也成为赤峰与锡林郭勒盟、通辽市及霍林河矿区的交通枢纽。
